约400年前，村中邱氏祖先由河南搬迁至此。
解放初期坪山改区，成立金龟乡，1954年成立互助组，1958年成立金龟人民公社，1986年成立金龟村民委员会，1991年，因地处赤坳水库上游，被市列为重点水源保护区；同年至今有10多组核电高压线跨过，又被列入高压走廊区；1998年被省定为重点生态林保护区；2004年全社区被市列为重点生态线控制范围；2005年，5条高压燃气和成品油管道跨区而过，又被定为重点高压燃气管道区。
2005年3月根据（深龙国贸复[2004]27号文），由原来的金龟经济发展有限公司，改制为金龟股份合作公司。
成立金龟社区，2010年设立金龟社区居委会，名称沿用至今。