南宋祥兴元年（1278年），末帝赵昺为逃避元兵追赶登基硇洲，曾升硇洲镇为翔龙县。
元朝初期，复归吴川县管理。
清光绪二十五年（1899年），法国强租广州湾，硇洲岛沦为法国殖民地。
民国三十一年（1942年），日本侵占广州湾，曾一度为日本所占据。
民国三十四年（1945年）8月15日，日本投降后，中国收回广州湾改名为湛江市，硇洲镇归湛江市管辖。
民国三十七年（1948年）8月2日，设东硇特区。
1949年11月19日，湛江市解放，硇洲岛由湛江市军管会管辖。
1950年5月，设立硇洲区人民政府。
1952年2月，划归雷东县。
1958年7月，撤销雷东县，划归湛江市郊区。
1958年10月9日，设立硇洲公社。
1968年7月3日，改为硇洲革命委员会。
1973年2月8日，恢复硇洲公社。
1983年3月2日，设硇洲区公所。
1987年5月2日，改制为湛江市麻章区硇洲镇。