梅州具有悠久的历史，据考古发现和近几年的文物普查统计，梅州有新石器时代文化遗址和遗物点398处。
秦始皇设揭阳戍于揭岭飞泉径下，汉元鼎六年升格为县。
东晋咸和六年（331年）析龙川县设兴宁县，治所在今五华华城镇，属东官郡。
东晋义熙九年（413年）析海阳县设义招县，属义安郡。
南齐永明元年（483年）析海阳县设程乡县，隋唐属潮阳郡。
五代十国南汉乾和三年（945），亦即后晋开运二年，程乡升为敬州，领程乡县。
这是梅州州治设立的起始。”宋开宝四年（971），因避宋太祖祖父赵敬之讳，改“敬州”为“梅州”，“梅州”的名称即始于此。
宋熙宁六年（1073），废梅州，以程乡县隶潮州；元丰五年（1082），梅州复置，仍理程乡县，属广南东路；绍兴六年（1136），废梅州复设程乡县隶潮州；绍兴十四年又复置梅州，仍理程乡县，属广南路。
元至元十六年（1279），改梅州为“梅州路”，置总管府；至元二十三年，复为梅州，属江西行中书省广东道宣慰使司；元贞元年（1295），隶属潮州路；延佑五年（1318），改直隶广东道宣慰使司，均只领一程乡县。
明洪武二年（1369），废州为程乡县，隶潮州。
清雍正十一年（1733），程乡升为“嘉应州”，隶属广东省。
辖地包括程乡、平远、镇平及以前为惠州府所统的兴宁、长乐五县，称为“嘉应五属”。
嘉庆十二年（1807），升嘉应州为嘉应府。
嘉庆十七年，复为嘉应州，仍领兴宁、长乐、平远、镇平四县。
宣统三年（1911），嘉应州复名梅州。
民国三年（1914），废州府制，梅州改名梅县。
1949年10月设置兴梅专区；1950年1月26日，设置兴梅行政督察专员公署；1952年底，撤销兴梅专区，兴梅7县改隶粤东行政区；1956年2月，粤东行政区划分为惠阳、汕头专区，兴梅7县属汕头专区；1965年7月，设立梅县专区，原兴梅7县从汕头专区分出，归属梅县专区，后改为梅县地区；1979年3月，原梅县所辖之梅州镇由区级升格为县级称梅州市；1983年6月，梅州市（县级）与梅县合并改为梅县市；1988年经国务院批准，原梅县地区改为梅州市(地级)；1994年6月，兴宁县撤县设市（县级）；2013年10月，国务院正式批准同意梅州市撤销梅县，设立梅州市梅县区。
，沿用至今。