远古为南交之地，夏属扬州南境，商为南越，周朝为扬越境地，战国时期为百粤地，秦以后为南海郡揭阳地，晋安帝九年（413）为绥安、海阳两县地，隋开皇十年（590）属义安县地，隋开皇十一年（591）属海阳县。
明成化二十一年（1485），置饶平县，属饶平县信宁都。
明万历四年（1576），南澳设漳、潮副总兵，南澳副总兵受福建、广东两省之制，又制二省之兵。
划深澳、隆澳属广东潮州府，云澳、青澳属福建漳州府。
清顺治三年（1646），南澳属郑成功藩地，清康熙三年（1664）属饶平县，清康熙二十四年（1685），南澳设总兵，深澳、隆澳属广东潮州府，云澳、青澳属福建漳州府。
清雍正十年（1732），置南澳厅。
1912年改南澳厅为南澳县，直隶广东巡按按使。
1914年，将云澳、青澳规划广东省，结束两省共管制。
1927年县政府迁至隆澳。
1938年日本侵略军攻占南澳，1942年日伪南澳县政府成立，饶平县海山岛归南澳管辖，称第四区（后规划饶平县管辖）。
1945年南澳光复。
1947年，南澳属广东省国民党第五区行政督察专员专署管辖。
1950年2月23日，南澳解放，同年6月1日，成立南澳县人民政府，同年10月1日起隶属广东省人民政府潮汕行政督察专员公署管辖。
1952年，南澳属粤东行政公署管辖。
同年6月，撤销南澳县建制，改称为澄海县南澳特区（因国务院没有批准，没有对外公布）。
1953年5月，南澳恢复县级建制。
1956年11月16日，南澳属汕头专区辖区。
1959年，撤销南澳县级建制，其行政区域并入饶平县，称饶平县南澳人民公社（1959年3月20日，国务院行文批准执行）。
1960年9月30日国务院批准恢复南澳县，隶属汕头地区。
1980年12月，属汕头地区行政公署管辖。
1983年12月22日，南澳县属汕头市管辖，至今。