九溪澳村清属福建省诏安县青澳区，称九归乡。
1914年属广东省南澳县第一区（深澳、青澳），称九归漏村。
1952年属第二区青澳乡合作社，称九溪澳生产大队。
1969年称九溪澳村革命委员会，1980年恢复生产大队，1986年属云澳镇，称九溪澳村民委员会。
2004年村居调整规模与九溪澳村委会合并称溪兰村委会，撤销九溪澳村委会。
2017年撤销溪兰村民委员会，后兰、九溪澳村再次分设，成立九溪澳村民委员会，并沿用至今。