南宋咸涥十年（1274）前后，有中原南迁难民经南雄珠玑巷来到西樵大同乡古巷，以捕鱼为生，其后代再于明洪武元年（1368）迁此。
1979年12月上北大队拆分为敦根、新龙、沙咀三个大队。
1984年1月，敦根大队管理委员会改称敦根乡人民政府，属九江区公社管辖。
1987年2月，敦根乡人民政府改为敦根村民委员会，归九江镇人民政府管辖。
1989年，敦根村民委员会改为敦根管理区办事处。
1999年5月，敦根管理区复称敦根村民委员会，2011年通过“村改居”撤销敦根村民委员会，设立敦根居民委员会，地名沿用至今。