在明朝万历年间，记载有鼎安都沙头堡水南乡，水南乡在1927年至1950年间分为二部分，上自楼涌村至罗客、青叟村属水南乡，莘深村、龙鹤村至沙涌闸下村，划归沙涌乡（沙涌包括南金、英明二村）。
1950年土地改革运动开展，闸下村至楼涌村统一划定为水南乡。
从1960年西桥、楼涌二村划入南海县沙头家蚕育种场，成立原种大队，从此，与水南乡分离至现在。
1953年，水南乡划入南海县官山七区管辖；1957年撤区并乡时，由官山大乡领导；1958年撤乡建社，属九江人民公社领导；1961年划归沙头人民公社管辖，成立水南大队管理委员会。
1963年并社，划归九江人民公社管辖，1966年全国开展无产阶级文化大革命运动，成立水南大队文化革命委员会。
1969年成立水南大队革命委员会。
1980年8月，沙头与九江公社分离，成立沙头人民公社，“撤乡建村”，水南村村民委员会成立。
1988年“撤村建区”，水南成立水南管理区办事处。
1999年“撤区改村”，水南成立村民委员会。
2011年通过“村改居”撤销水南村民委员会，设立水南居民委员会，地名沿用至今。