清宣统年间，村境属镇涌堡。
民国17年置南石镇三乡，属南海县第一区。
25年撤销南石镇三乡，村境属南烟乡。
34年12月撤销南烟乡，村境属南胜乡。
1953年4月改名镇南乡，1957年4月又撤销镇南乡，属西南乡管辖，1958年10月秋收置镇南大队，划入西樵公社管辖。
1961年8月，镇南又划回河清公社，分石龙大队、镇涌大队、良涌大队，还有南村和南沙两个村归属西樵太平公社。
1963年3月，恢复镇南大队。
1983年10月，更名为镇南管理区。
1999年5月，成立镇南村民委员会，地名沿用至今。