1950～1952年，成立南水村农会。
1953年，蛇口建渔民小乡，南水村归渔民小乡管辖。
1954年，成立互助组，26户、80多人，并开始有大冲、沙河等外村女青年嫁入南水村。
1956年，实行农业合作化，由互助组联合成立初级合作社。
1957年，成立高级社。
1959年1月，超英公社改称南头公社后，湾厦、水湾、南水合并成立湾厦大队，原南水高级社改为湾厦大队南水生产队。
1970年7月，湾厦大队划归蛇口公社管辖。
1977年5月，南水生产队从湾厦大队分出成立南水大队。
1983年11月，南水大队改称南水村，隶属蛇口办事处。
1984年8月，蛇口办事处改称蛇口镇，南水村属蛇口镇管辖。
1990年9月南山区成立后，蛇口镇改称蛇口街道，南水村属蛇口街道管辖。
1992年6～11月，进行农村城市化改革，撤销南水村，村行政管理部分成立南水居委会。
2001年，调整居委会辖区规模并更名为社区，南水居委会更名为南水社区居委会，名称沿用至今。