明万历年间，已有行政建制湾厦乡，原新安西路涌头乡樊宜兰来此定居，后有李氏、樊氏、莫氏、谢氏、陈氏、黄氏、邱氏等人家迁来，村庄规模扩大。
宝安县传世最早的《康熙新安县志》列有“湾厦村”村名。
清代，湾厦村为新安县典史管属村庄。
1970年，宝安县调整行政区划，湾厦大队从南头公社划归蛇口公社管辖，湾厦大队的南水生产队、水湾头生产队划出，成立南水大队、水湾大队。
1982年4月，蛇口公社改称蛇口街道，湾厦大队属蛇口办事处管辖。
1983年11月，政社分设，湾厦大队改称为湾厦村。
是年，被征地0.7平方千米，其中水田0.2平方千米，荔枝树500多棵。
1984年8月，蛇口区在蛇口办事处地域成立，蛇口办事处改称蛇口镇，湾厦村属蛇口镇。
1990年9月，南头区、蛇口区合并成立南山区，蛇口镇改称蛇口街道，湾厦村属蛇口街道。
1992年6～11月，进行农村城市化改革，撤销湾厦村，村行政管理部分成立湾厦居委会，2001年居改社，成立湾厦社区居委会，名称沿用至今。