元代至顺年间（1330），朱氏三世祖朱中阳迁居南沙深湾村。
隶属东莞县。
1953年深湾村属新建乡的一部分；隶属珠海县第四区万顷沙乡。
1958年与东井村合为东井大队；1959年后隶属番禺县万顷沙人民公社。
1965年从东井大队析出，设深湾大队；1984年1月至1986年12月设深湾乡；1987年改设深湾村民委员会；1992年成立南沙开发区深湾管理区；2002年改称广州南沙经济技术开发区深湾村；2006年6月改称广州市南沙区南沙街道深湾村。