仁居古称“豪居”，秦汉时为揭阳县地，晋时属海阳县，齐以后归程乡县管辖。
明嘉靖四十一年（1562年）设置平远县时，始为县治所在地，直至1952年。
清末民国初期，豪居改称仁居。
民国三十二年（1943年），仁居属平远第一区。
下设13保。
1949年5月，平远解放后，仁居为平远县第一区。
1952年6月，平远、蕉岭合县，仁居属蕉岭县第五区。
1954年3月，平远、蕉岭恢复县建制，仁居被划为平远县第一区。
1957年，撤销区建制设立仁居乡。
1958年9月，撤乡成立“政社合一”的人民公社，原仁居乡、差干乡、邹黄乡合并成立仁居人民公社。
1961年1月，邹坊、黄畲、差干从仁居公社分出，各自成立公社。
1963年3月，黄畲、邹坊、仁居合并为仁居公社。
1978年3月，黄畲从仁居分出。
1983年11月，撤销公社建制，设立仁居区公所。
1986年11月，撤区建乡（镇）时，设立仁居镇。