清城区所辖行政区划为原清远县境域之一部分。
汉元鼎六年（前111）置中宿县，属南海郡。
三国吴甘露元年（265），以桂阳郡南部，立始兴郡，中宿县改属始兴郡。
南北朝，宋泰豫元年（472），始兴郡改称广兴郡，齐建元元年（479）复为始兴郡，中宿县属之。
梁武帝期间，置清远郡，辖中宿、威正、廉平等5县，隶属衡州。
陈朝，清远郡属西衡州。
隋开皇十年（590）废清远郡，置清远县、政宾县，属南海郡。
唐武德六年（623）废政宾县并入清远县，属广州督察府辖。
五代南汉以及宋、元、明、清等朝，清远县均属广州府（路）。
1936年，属第二行政督察区。
1983年7月，改隶广州市。
1988年1月，撤销清远县设立清远市，原清远县境分置清城区、清郊区（今清新区）。