明弘治十二年（1499年），四九镇属新宁县德行都。
民国时期，属于台山县第一区。
中华人民共和国成立后，属台山县第一区。
1957年，撤区设乡，把四九区分为五十乡和四九乡。
1958年1月，又把四九乡和五十乡合并为四九乡人民委员会。
1958年10月，实行政社合一，四九乡与附城乡合建“附城”公社。
1959年6月，析附城镇而置“四九公社”。
1980年，改为四九人民公社管理委员会。
1983年8月，改制为四九区公所，后有改称村委会。
1986年12月，四九区公所改制为四九镇人民政府。