相传北宋靖康元年（1126），此处已成村落，随后陆地扩展，居民增多，南宋德祐元年（1275）始成睦洲。
清康熙县志地图可见睦洲，属潮居都十九图。
民国时期属第八区睦洲乡。
1951年属第九区睦洲乡。
1958年称睦洲管理区。
1959年分称冲尾大队、占源里大队、江安里大队、承恩里大队、上凌大队。
1961年分为上宁大队、承恩大队、占元大队、江安大队、充美大队。
1965年合称睦洲大队。
1984年称睦洲乡。
1986年称睦洲村委会。
1988年改称睦洲管理区。
1999年改称睦洲村委会，沿用至今。