明万历年间（1573-1619），钟、何两姓先祖从海面来此建村，信堪舆师意见，初名“南峡”，土语“峡”“合”谐音，改名“南合”。
清康熙县志、清乾隆县志作“南盒”村，属泷水都四图。
清道光县志图说记“南合钟姓”。
民国时期至1951年属第七区洞南乡。
1952-1956年改属第十一区南田乡（1955年第十一区改为崖西区）。
1957年改属洞南乡。
1958年并入洞南管理区。
1959年成立南合大队。
1984年与南昌大队、田寮大队合称南田乡。
1986年从南昌大队、田寮大队分出，称南合村委会。
1988年改称南合管理区。
1999年复称南合村委会。
2002年崖南与崖西合并，属崖门镇，仍称南合村委会。