宋末元初（1271-1294），叶姓先祖从会城来五指尖山东麓建村，初名为叶家村。
明代请塾师黄立忠来此讲学，黄立忠于水背娶妻何氏，与何氏生五子后定居此地。
清康熙年间的大型类书《古今图书集成》已见水背桥、水背村的记载，清康熙县志记属泷水都三图。
清光绪十九年（1893）建水背新村于旧村西侧。
民国时期属富路乡。
1951年改属第七区沙路乡。
1952-1957年属第十一区坑背乡（1955年第十一区改为崖西区）。
1958年属崖西人民公社坑背管理区。
1959年成立水背大队。
1984年与坑口合并为坑背乡。
1986年分出称水背村委会。
1988年称水背管理区。
1999年称水背村委会。
2002年崖南与崖西合并，属崖门镇，仍称水背村委会。