建制始于明洪武二年（1369）。
清康熙四十四年（1705）设立英德县浛属清二都美村图、石灰铺图。
清道光十六年（1836），设立美村乡、石灰乡。
1936年设立石美乡。
新中国成立后，设立美村乡、竹田乡、惟山乡，隶属于英德县第二区。
1952年3月设立英德县第五区。
1955年8月设立美村区。
1957年11月设立美村乡。
1958年9月属红旗人民公社，1959年4月从红旗人民公社析出设立石灰铺人民公社。
1983年7月撤社设立石灰铺区公所，1986年11月撤区设立石灰铺镇，沿用至今。