南江口镇在周代属百越。
晋代末年属晋化县，曾为县署所在地。
在清代属罗定州西宁县太平都，置名仙平甲。
民国二年（1913年）至解放初期改称仙平乡，属郁南县第二区。
民国三十五年（1946年）与上四（罗旁）、沥源（地心）合并太平乡（乡府驻地罗旁）。
民国三十七年九月（1948年9月）太平乡又按原来的三个小乡划分，恢复仙平乡。
1950年合并连滩属第四区。
南江口圩初为平罗行政村的驻地。
1953年，改称平罗乡。
1957年与南渡乡合并称南江口乡。
1956年12月，原来第二区（仙平乡）划分南江口、古蓬两个小乡，仍属连滩四区所辖。
1958年4月，南江口、古蓬合并为南江口乡。
同年10月，该乡是东风人民公社的一个管理区。
1961年10月，从东风人民公社分出成立南江口人民公社，翌年与西江人民公社合并称南江口人民公社。
1983年8月，称南江口区。
1987年，建南江口镇。