清代，属南宁府宣化县。
民国二十二年（1933年），设那陈乡（因陈、覃二姓居民最早在此居住而得名），属邕宁县三官区。
1950年6月，属邕宁县第四区。
1955年8月，设那陈区。
1958年，与下敏、大塘、南晓等乡合并置红山公社，隶属邕宁县。
次年，红山公社撤销，析置那陈、下敏两个公社。
1960年，那陈公社并辖下敏公社。
1962年，那陈公社改为那陈区。
1969年，那陈区改为那陈公社。
1984年，那陈公社撤改为那陈乡。
1995年，那陈乡改为那陈镇。
2004年4月，那陈镇改属南宁市良庆区。