五代，置义宁镇，治今五通镇。
晋天福八年（943年），义宁镇改为归义场；寻又改为义宁县，隶桂州。
南唐开运三年（964年），义宁县改隶溥州。
宋乾德元年（963年），义宁县改隶桂州；宋开宝五年（972年），义宁县废。
次年，复置义宁县，依旧隶桂州；南宋绍兴三年（1133年），义宁县改隶静江府。
元至元十五年（1278年），义宁县改隶静江路。
明洪武五年（1372年），又改隶桂林府。
清乾隆六年（1741年），义宁县析地另置龙胜厅，隶桂林府。
民国二年（1913年）义宁县隶漓江道；次月6月，义宁县隶属桂林道；民国十六年（1927年）11月，义宁县直隶广西省；民国十九年（1930年），义宁县属桂林民团区；民国二十二年（1933年），今镇域设桑江镇；次年3月，义宁县改属桂林行政监督区；民国二十四年（1935年）12月，今镇域设五通、仁和、保宁等乡；民国二十九年（1940年）4月，义宁县改属第一行政督察区；民国三十一年（1942年）3月，义宁县直隶广西省；民国三十三年（1944年）5月，义宁县改属第八行政督察区。
1952年8月11日，义宁县撤销后改为灵川县第八区（五通）第九区（仁和）。
1954年6月，又改为临桂县第八区（五通）、第九区（仁和）。
1958年8月22日，设红旗公社（后改五通公社）。
1959年3月，五通公社分设为五通、保宁两公社。
1961年6月，调整为五通、仁和、保宁3个公社和五通镇。
1966年4月，又调整为五通、保宁两个公社和五通镇；同年，保宁公社更名为红星公社。
1969年2月，五通镇划归五通公社。
1973年，红星公社复名保宁公社。
1984年10月，五通、保宁两公社撤销，分别设五通镇和保宁乡。
1990年，今镇境有五通镇（设14个村公所、1个居委会）和保宁乡（设8个村公所）。
2005年8月，保宁乡并入五通镇。