宋开宝七年（974）设南丹州。
宋大观元年（1107）改观州。
宋大观四年（1110）复称南丹州。
元至元三十一年（1294）改南丹安抚司。
明初改称南丹土州，属庆远府。
明洪武二十八年（1395）改称南丹卫，明洪武二十九年（1396）称南丹军民指挥使司后复改称南丹卫。
明永乐二年（1404）复称南丹土州。
1917年称南丹县，属柳州道。
1927年属广西省。
1930年属宜州县民团区。
1932年属柳州民团区。
1934年属柳州行政监督区。
1935年划牙林、甲板、六排、桥头4乡归天峨县，1936年属庆远行政监督区。
1950年1月属宜州专区。
1953年5月划月里、上稿、巴峨、化良、纳唐5乡归天峨县，7月划云榜乡归天峨县，8月划枫木乡归河池县北香区。
1955年天峨县月里区划入。
1956年3月属宜州地区。
1958年1月属宜州专区，7月属柳州专区。
1965年5月属河池专区。
1971年属河池地区。
2002年属河池市。