清光绪三年（1877年），设蒲津乡，属南宁府宣化县。
民国二十一年（1932年），改称邕宁县蒲津区。
民国二十二年（1933年），蒲津乡改为蒲津，属八尺区。
1950年6月，蒲津镇改蒲津乡，属邕宁县第三区。
同年8月，邕宁县迁治蒲庙，属南宁专区。
1951年3月，蒲津乡改属邕宁县第三区属第一区。
同年8月，邕宁县迁治今南宁市兴宁区五塘镇。
1952年8月11日，邕宁县改属桂西僮族自治区宾阳专区。
1953年1月，邕宁县又复迁治蒲庙。
1955年8月，设蒲庙区。
1956年3月2日，邕宁县改隶桂西僮族自治州；次年12月20日，邕宁县改属邕宁专区。
1958年2月，蒲庙区改为蒲庙乡。
同年8月，蒲庙乡与新江、那秀乡合并设星火公社。
11月14日，邕宁县改属南宁专区。
1959年4月，星火公社改为蒲庙公社。
1961年5月，蒲庙公社改为蒲庙区。
1968年12月，蒲庙区撤改为蒲庙公社。
1971年，邕宁县改属南宁地区。
1980年1月，蒲庙公社析置蒲庙镇。
1983年10月8日，邕宁县改隶南宁市。
1984年9月，蒲庙公社改为蒲庙乡。
1987年10月，蒲庙乡撤销并入蒲庙镇。
2004年9月，蒲庙镇改隶南宁市邕宁区。