辖域在民国二十四年（1935）为芝奈村，属三江县丹阳区大湾乡。
1950年属田寨区。
1953年改称良友乡。
1951年属第三区。
1952年改黄奈乡，属大苗山苗族自治区拱洞区。
1955年属大苗山苗族自治县拱洞区。
1958年改大队，属拱洞公社。
1962年改公社，属拱洞区。
1966年属融水苗族自治县拱洞区。
1968年复改大队，属拱洞公社。
1984年改村，属红水乡。
1996年改称村民委员会，2020年根据民政部基层政权的文件要求，村民委员会现在改为黄奈村村民委员会。