雁山区区境，春秋战国时期属楚国，秦汉时属桂林郡，西汉至隋代属始安县，唐宋元明清各代均属临桂县地。
1913年，属桂林县地。
1939年，属桂林市和临桂县地。
1950年4月区境分属临桂县大圩区、龙门区、柘木区、良丰区，同年10月分属临桂县第一区（大圩）、第二区（柘木）、第九区（良丰）、第十区（六塘）。
1956年6月分属桂林市近郊区，临桂县大圩区、雁山区。
1957年11月分属桂林市近郊区奇峰乡，临桂县雁山乡、大埠乡、大圩乡。
1958年9月分属桂林市近郊区秀峰人民公社、临桂雁山人民公社、大圩人民公社。
1960年7月，桂林市近郊区撤销，区境分属桂林市城区阳桥人民公社、国营良丰农场、临桂县大圩人民公社。
1981年5月7日灵川县大圩公社潜经大队、草坪大队划归桂林市。
同年7月成立近郊区草坪人民公社。
1984年5月恢复郊区建制。
1984年7-9月公社改为乡镇，9月29日成立草坪回族乡，区境分属为桂林市郊区雁山镇、柘木镇、大埠乡、草坪回族乡。
1996年12月根据《国务院关于同意广西壮族自治区调整桂林市辖区行政区划的批复》国函﹝1996﹞110号，设立雁山区，沿用至今。