清代属宜山县归善乡上里地，民国初期划为宜山县第四区，民国22年改称石别区，民国31年撤区划为石别乡。
解放后，最初为里苗区石别乡，1950年划为宜山县第五区（石别区），1955年石别区属的同意、宜州、翁同、龙候、京口、金满、板磨、大宿、塘怀9个乡划归都安瑶族自治县。
1957年撤区并乡为石别乡。
1958年成立先锋（石别）人民公社，1962年北山公社并入石别公社，同年秋改为石别区，1966年仍为石别公社。
1984年改为石别乡。
1987年分出部分村屯成立北山乡。
1998年撤乡建镇为石别镇。
2005年宜州市撤并乡镇后拉并村委并入石别镇。
2010年，石别镇辖1个社区，10个村委，107个自然屯。