民国时期，实行新宪制，改区、联保为乡（镇），隶属板坝乡；1958年，建立巧洞生产大队，成立巧洞生产大队管理委员会，隶属巧马区巧马公社；1984年，册亨县行政区划变动，巧洞生产大队管理委员会更名为巧洞村民委员会，隶属巧马乡；1991年，实行建镇并乡撤区，巴金乡、板街乡、板其乡和巧马乡的巧洞村合并为丫他镇，巧洞村委会隶属丫他镇；1998年，巧洞村委会隶属丫他镇；2007年，实行村级整合，巧洞村委会隶属丫他镇；2016年，实行乡镇区划调整，巧洞村委会隶属丫他镇。