唐代，今惠水县境为黔中道庄州下属清兰县辖地。
五代十国时期，后晋高祖天福五年（940），楚设置南宁州，治所在今离惠水县城十五里卧龙。
元至元十六年（1279）在今县境内置八个安抚司（方番、卢番、程番、洪番、卧龙番、小龙番、大龙番、石番），简称“八番”。
明洪武八年（1375），今惠水和长顺的睦化、代化一带分布着贵州卫下属的程番、上马桥、小程番、卢番、韦番、方番、洪番、卧龙番、小龙番、大龙番、罗番、金石番、卢山、木瓜、麻响、大华十六个长官司。
明成化十年（1474）置程番府于程番司处，府治在今惠水县城内。
明隆庆二年（1568）程番府治迁贵阳，次年改称贵阳府;有“先有程番府，后有贵阳府”之说明万历十四年（1586）置定番州，州治仍在今惠水县城内。
1914年，定番州改称定番县，隶属黔中道。
1920年，撤销黔中道，定番县直属于省，1931年定番县称定番自治县，1934年至1937年改称定番自治实验县，1941年，定番县改称惠水县。
1949年11月24日夜，惠水县解放。
25日，成立惠水县人民政府。
1952年，成立惠水彝族苗族自治区。
1954年改称为惠水县布依族苗族自治区；1955年惠水县布依族苗族自治区改称为惠水布依族苗族自治县；1956年，惠水县隶属黔南布依族苗族自治州，12月，惠水布依族苗族自治县改称惠水县。
1958年，惠水县改属贵阳市；1963年复隶黔南布依族苗族自治州至今。