清雍正以前，属管外苗族地区。
清乾隆二年（1737年），境内设章汉、德阜2堡，白索1汛。
民国三十三年（1944年），设南哨乡。
1950年，设南哨乡。
1953年，设南哨乡。
1957年，合作化设南哨片。
1958年，设南哨管理区属太拥公社。
1961年，属南哨公社。
1963年，以管理区设南哨公社。
1984年，改南哨公社为南哨乡。
1992年，远通、翁座、南哨3乡合并为新的南哨乡。
2016年1月，南哨乡撤乡设镇。