相传距现木孔街2公里的坪上，有一棵千年无名古树，参天耸立，古树径大心空，非常奇特，树肚内能摆放一张大方桌和四根板凳供人们棋牌娱乐，树木古老“空”为“孔”，因此而得名“老木孔”。
明清时，此地又名“临江场”，是乌江支流偏岩河畔的一个渡口。
1949年，置木孔乡，因治所地在老木孔街上，去掉“老”字，取名“木孔”。
1953年，木孔乡析设木孔乡和湾子乡。
1958年，实行人民公社制度，同时撤销木孔乡和湾子乡，分别并入安底公社和沙土公社。
1962年，析建木孔公社、湾子公社。
1984年，木孔公社、湾子公社分别改为木孔乡、湾子乡。
1992年，撤销沙土区的湾子乡、安底区的木孔乡，合并新建为木孔乡。
2016年1月29日，贵州省人民政府批复同意撤销木孔乡建制，设置木孔镇。
撤乡设镇后行政区域和政府驻地不变。