解放后隶属于第三区崇实乡。
1953年，行政区划由第三区崇实乡改为第三区高棉乡，1956年，行政区划由第三区高棉乡改为兴中区高棉乡。
1959年，实行人民公社化，棉花村改称兴中公社高棉管理区棉花大队。
1962年，撤销大公社，复置4个行政区，棉花村改称兴中区高棉公社棉花大队。
1984年机构改革时，改称棉花村。
1986年12月，棉花村隶属于兴中区高棉乡。
1992年1月，棉花村的行政区划由兴中区高棉乡改为高棉乡。