春秋属牂牁古国，战国属大夜郎国，汉属牂牁郡，唐宋为羁縻清州，元为亦溪不薛（水西）宣慰司六慕则溪。
明洪武二十三年(1390)，分贵州宣慰司地置威清卫，隶贵州都司。
崇祯三年（1630），以水外六目地所在的六慕则溪引叶遮勒目驻地置镇西卫。
清康熙二十六年(1687)，裁威清、镇西两卫及其所属的赫声、威武二守御千户所，以其辖境合并置清镇县，隶安顺府。
1912年废清代县署，设清镇县行政公署，隶贵西道。
1920年直隶于省。
1927年改行政公署为县政府，属第一行政督察区。
1936年改属第二行政督察区。
1937年直隶于省。
1949年置清镇县，属贵阳专区。
1952年属贵定专区。
1956年属安顺专区。
1958年属贵阳市。
1963年复归安顺专区，1970年属安顺地区。
1992年11月撤县设市(县级)，属安顺地区。
1995年7月由省直辖。
1996年1月起由贵阳市代管。