元至元二十年（1283年），置赤溪（今司前一带）、秃罗（今塘洞一带）长官司。
明洪武二十五年（1392年），设邛水一十五洞蛮夷长官司，司治荡洞（今司前村）。
清宣统年间（1909年—1911年），邛水县丞设两区，今长吉乡境属一区。
民国十五年（1926年），设长吉区。
民国三十年（1941年），撤区建长吉乡。
1949年11月，长吉乡改建长吉区。
1950年，瓦寨区并入长吉区，长吉区辖长吉乡和瓦寨乡。
1953年，长吉区迁瓦寨，改称瓦寨区，烧巴、长吉、赤瓦、矮子秧4乡属瓦寨区。
1957年，撤区联乡，建立长吉基层委员会。
1958年，撤基层委员会建乐园公社，驻长吉，辖长吉、贵秧、烧巴、良上4管理区。
1959年，撤乐园公社，其管理区并入瓦寨公社。
1961年，成立长吉公社，属瓦寨区。
1963年，分设长吉、烧巴、贵秧3公社。
1984年，改称长吉乡、烧巴乡、贵秧乡。
1992年，长吉、烧巴、贵秧3乡合并为新的长吉乡。
2016年4月，长吉乡撤乡设镇。