民国三十七年（1948年），设南开镇。
1950年7月，撤销南开镇建南开乡。
1953年4月，设南开区。
1958年8月，南开区改为南开公社（区级），南开乡改为南开管理区。
1961年7月，南开公社改为南开区，南开管理区改为南开公社（乡级）。
1983年4月，南开公社改为南开乡。
1992年5月3日，土角乡、坞铅乡、南开乡合并为南开苗族彝族乡。
2020年7月，国务院正式批复同意该省调整六盘水市部分行政区划，决定将水城县的南开苗族彝族乡，划归六盘水市钟山区管辖。