1950年7月成立孟溪乡公所时，矮屯属于乡第六行政村管辖；1953年3月撤销孟溪乡公所，建立孟溪小乡，组建矮屯村，隶属关系未变；1959年9月，改称矮屯生产大队，归属孟溪管理区；1966年11月与干堡沟合并组成共和生产大队；1976年末与干堡沟分治，仍称矮屯生产大队；1984年1月社改乡，矮屯生产大队为村；2007年12月矮屯村、干坝沟村、太平山村合并为矮屯村，2013年12月撤分村，分出矮屯村。
现属孟溪镇管辖。