木耳原属孟溪乡公所第五行政村；1953年6月，木耳小乡成立，木耳村随之建制；1959年9月，木耳乡改管理区，木耳村更名为生产大队属之；1966年，木耳、河口、芭茅三生产大队合并组建为前锋生产大队；1976年10月，木耳与前锋分治而为木耳生产大队；1984年1月，木耳人民公社撤销改建为木耳乡，木耳生产大队改建为村；19920年6月，撤乡建镇，木耳随之划入孟溪镇管辖；2007年12月，芭茅村与木耳村合并为木耳村，2013年12月撤分村，分出木耳村。
现属孟溪镇管辖。