清道光年间（1821—1850年）属贞丰州下江第四甲石屯亭。
民国二十九年（1940年），望谟建县，石屯联保属第五区。
民国三十一年（1942年）1月，改为石屯乡。
民国三十二年（1943年）2月，石屯、董万2乡合并为石万乡，属望谟县播东区。
1953年，划归乐元区。
1959年1月，乐元区和城关区合并建乐元公社（驻岂赖村），两月后撤销，分别组建乐元公社和城关公社。
石屯乡改为石屯管理区。
1961年，撤销并入平寨管理区。
同年恢复石屯公社。
1984年，撤区设石屯、林木山、包树、打岩4小乡。
1992年，4小乡合并为石屯镇。