清顺治十五年（1658年），为修文县仁和里辖地。
民国二十年（1931年）秋，保改乡镇，属息烽县三区辖地。
民国三十年（1941年），息烽县降为三等县，鹿窝乡属西山乡。
1951年2月，划归九庄镇。
1992年前，属息烽县九庄区。
1992年，撒区并乡，原新杨乡撒销，所属的杨寨，瓮舍，新民3村全部划归鹿窝乡，黑神庙区的王家坪乡也被撒销，所属的西安、合箭2村井入鹿窝乡。
2016年4月22日，撤销鹿窝乡，设置鹿窝镇。