元朝属顺元路落邦札(扎)佐等处蛮夷长官司。
明初,属扎佐长官司。
明末清初属贵阳府新贵县北下里。
康熙二十六年(1687年),属贵筑县北下里甲。
民国四年,属东区七保。
民国二十一年,区以下废保建制,置乡(镇),村境属第三区泗溪乡。
民国二十四年,废乡(镇),置联保,属第三区泗溪联保。
民国二十七年,属第三区清让联保泗溪保。
民国三十一年,推行新县制,撤销区和联保置乡(镇),属清让乡。
1949年解放后,属修文县扎佐区清让乡。
1952年,属修文县第二区(扎佐)清让乡。
1958年,大办人民公社,村境建双月生产队和泗溪生产队,属飞跃人民公社清让管理区。
1959年,属扎佐公社清让管理区。
1961年,原管理区改为人民公社,生产队改为生产大队,生产小队改为生产队,隶属扎佐区清让公社。
1984年,政社分设,原公社改为乡,生产大队改为村民选举产生的群众性自治组织。
,生产队改为村民小组,隶属扎佐区清让乡。
1992年撤区并乡后,划属新建的扎佐镇。
2013年修文县村级区划调整,将泗溪村和双月村合并建立清溪村。
2020年5月撤销扎佐镇(含珍珠河社区服务中心),设立扎佐街道和景阳街道。
清溪村归属景阳街道管辖。