村境元代属贵州等处蛮夷长官司，明初属贵竹长官司，后属新贵县。
清代属贵竹县之北上里。
民国四年划入修文县南区（扎佐）三保；民国二十一年，隶属三重乡；民国二十四年，隶属第四区真武联保石板哨保；民国三十一年，撤销区和联保复置乡（镇），隶属扎佐镇石板哨保。
解放后，隶属扎佐区扎佐镇；1949年解放后，属修文县扎佐区扎佐镇。
1952年，属修文县第二区（扎佐）三元乡。
1958年，大办人民公社，村境建三元生产队，属扎佐公社三元管理区。
1961年，原管理区改为人民公社，生产队改为生产大队，生产小队改为生产队，隶属扎佐区。
1962年，属扎佐区扎佐公社。
1963年，复属扎佐区三元公社。
1984年，政社分设，原公社改为乡，生产大队改为村民选举产生的群众性自治组织。
，生产队改为村民小组。
1992年撤区并乡后，划属新建的扎佐镇，下设5个村民组。
2013年修文县村级区划调整，维持三元村不变。
2020年依据黔府函〔2020〕63号文件，撤销扎佐镇，设立扎佐街道。
三元村归属扎佐街道管辖。