唐末至明万历二十八年（1600年），属播州杨氏土官世袭领地。
次年，属遵义县东乡乐安里。
清雍正六年（1728年），随府县改隶贵州省。
民国二年（1913年），属东三上区、东三下区。
民国二十一年（1932年），始设新舟镇，属第五区。
1955年，改称新舟区。
1958年，与虾子区合并为虾子基层公社。
1992年，复为新舟镇。
2009年5月4日，遵义县（今播州区）划出新舟镇，挂牌遵义市新蒲新区党委工作委员会、新蒲新区管理委员会托管。
2012年8月，经贵州省人民政府批准，设立贵州新蒲经济开发区，新舟镇由托管。
2016年4月5日，贵州省政府办公厅公布国务院对贵州省人民政府《关于调整遵义市部分行政区划的请示》（黔府呈〔2015〕31号）作出批复，同意将原遵义县的新舟镇、虾子镇、三渡镇、永乐镇、喇叭镇和遵义市汇川区的北京路街道划归遵义市红花岗区管辖。
2016年—2019年，新舟镇不变，由新蒲新区托管。