1959年，西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处设立，由海南行政区管辖。
1988年，西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处划归新成立的海南省管辖。
2012年6月21日，民政部公告宣布，国务院正式批准，撤销西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处，建立地级三沙市，西沙群岛、中沙群岛由三沙市直辖。
2020年4月18日，中华人民共和国民政部发布公告，经国务院批准，海南省三沙市设立南沙区。
三沙市南沙区管辖南沙群岛的岛礁及其海域。