琼山，古名珠崖、曋都、玳瑁、舍城、颜城、崖州、琼州、琼山郡、琼台。
早在汉朝时属珠崖郡玳瑁县地，因当地盛产玳瑁而得名。
隋朝时从玳瑁县东境设颜卢县。
唐武德五年（622年）改颜卢为颜城，属崖州，唐武德五年（622年）至宋开宝五年（972年）间，崖州治所在今琼山。
唐贞观元年（627年），又改颜城为舍城，从舍城分出一部分设置琼山县。
宋代按户口、资地条件等分为望、紧、上、中、下五等县，海南岛仅琼山属中等，其余的县均属下等。
琼山经唐以来重点开发，经济、文化一直居全岛领先地位，为历史上海南发展最早和最好的地区。
“琼山”一名的由来，据《方舆纪要》载“府南十里有琼山，土石多白，似玉而润，县以此名。”《琼山县志》亦载“因境内白石都（今甲子镇新民地区）有一座山叫琼山，泥土石头洁白润泽如玉，便以山名为县名。”唐贞观元年（627年）废除旧制，建立新县。
在职的文武官员想起前年郊游白石山的奇遇，便纷纷提议，取城南白石山的白石洁润如玉的含义，取名琼山。
这个建议很快得到采纳，新设的县便取名为琼山县。
唐贞观五年（631年）设琼州，州治位于今旧州镇。
宋开宝四年（971年）移治今府城，明洪武三年（1370年）设立琼州府，至清代，琼山县都是琼州府的所在地，故府城以此得名。
自明代琼州升格为府后至民国初年，琼山一直是海南的政治、经济、文化中心。
秦代琼山县地属象郡边陲。
汉元封元年（公元前110年），今琼山县地属珠崖郡曋都、玳瑁两县。
初元三年（公元前46年），属合浦郡朱庐县。
建武十九年（43年）四月，改朱庐县为珠崖县，琼山县地时属合浦郡珠崖县。
三国东吴赤乌二年（239年），改珠崖县为朱庐县，隶属珠崖郡，琼山县地时属朱庐县。
晋太康元年（280年），琼山县地时属合浦郡朱庐县。
梁大同年间（525～546年），琼山县地时属珠崖郡朱庐县。
隋大业三年（697年），琼山县地属珠崖郡颜庐、武德两县，大业六年（610年），武德县改为舍城县，琼山县地时属颜庐、舍城两县。
唐武德五年（622年），改颜庐为颜城县，属崖州。
唐贞观元年（627年），始设琼山县。
唐贞观五年（631年），置琼州（治今琼山旧州），琼山县隶属琼州。
唐天宝元年（742年），改琼州为琼山郡，琼山县时称琼山郡附廓。
唐乾元元年（758年），改琼山郡为琼州，今琼山县地跨琼州附廓和崖州的舍城县。
五代十国时期，南汉同唐制。
宋开宝五年（972年），琼州州治由今旧州迁至今府城域。
今琼山县地跨琼州附廓和舍城县。
宋熙宁四年（1071年），废舍城入琼山县，属琼州。
六年（1073年），琼山县时属琼管安抚司。
明洪武三年（1370年），琼山县隶属琼州府。
1914年，琼山县隶属于琼崖道。
[48]1949年6月，琼山县隶属海南特别行政区。
1950年4月，琼山县政府驻琼城镇（今府城）。
1952年，琼山县政府迁往岭脚。
1955年，琼山县政府又迁回府城（琼城镇改称府城镇）。
1988年4月，琼山县隶属海南省。
1994年1月24日，经国务院批准，琼山县撤县设市，[11-12]4月8日，琼山市正式成立。
2002年10月16日，国务院撤销琼山市和海口市秀英区、新华区、振东区，以原琼山市和海口市原秀英区、新华区、振东区的行政区域设立海口市秀英区、龙华区、琼山区、美兰区。
2003年1月1日，琼山区正式挂牌成立，区委区政府驻府城街道。