民国二十八年（1939年）至1950年4月，甲子镇属琼山县第五区。
1950年5月，属琼山第二区。
1957年，甲子乡、长昌乡、文昌乡、新昌乡合并为甲子大乡。
1958年9月，并入三门坡公社。
1959年7月，分社后属谭文公社。
1961年3月，从谭文公社再分出成立甲子公社。
1983年3月，撤社建区，设甲子区公所。
1987年3月，改称甲子镇，隶属琼山县管辖。
1994年1月，琼山撤县设市，隶属琼山市管辖。
2002年7月15日，新民乡与甲子镇合并，设立甲子镇。
2002年10月16日，撤销琼山市，设立海口市琼山区，甲子镇隶属琼山区管辖。