自西汉开疆海南后，历朝代治于此。
隋大业三年（607）宁远县治，宋代开宝五年（972）改振州为崖州，为州治。
1912年废直隶州，改名崖县，为县治。
从民国到1954年，为崖县（三亚市前身）县城所在地。
1958年成立崖城人民公社，1983年撤销人民公社建制，改为崖城区，1987年1月撤销区乡建制，改为崖城镇。
2001年，三亚市进行撤并乡镇行政区划改革，将原崖城镇、保港镇、梅山镇、雅亮乡整建制合并为崖城镇（2004年将原雅亮乡管辖范围划给新成立的育才镇辖）。
2014年经国务院批准，三亚市撤并区镇，将崖城镇改为崖州区沿用至今。