番阳镇因地处山区腹地，为少数民族婀寨地区，清以前政区归属不可考。
民国二十四年（1935年）前，番（万）阳桐隶属崖县管辖。
民国二十四年（1935年）3月，广东省国民政府划出五指山区设立白沙县、保亭县、乐安县，将万阳桐（今番阳镇）划归乐安县（后改为乐东县）管辖，设立番（万）阳乡。
民国三十六年（1948年）至1949年，成立番（万）阳大乡，辖加艾乡、布伦乡。
1950年，成立番（万）阳区，辖番阳乡、加艾乡、毛组乡、孔首乡、布伦乡。
1951年，番（万）阳乡（今五指山市番阳镇）隶属乐东县第二区。
1958年3月，万冲乡、万阳乡合并成立万冲乡。
1958年10月，万冲乡、三平乡24个高级社和万冲、头塘2个农场合并成立上游公社，后改为三平公社。
1962年2月，从三平公社划出成立番阳公社。
1983年5月，改称番阳区，属乐东县。
1986年6月，番阳区划归通什市管辖。
1987年1月，改称番阳镇。
2001年7月，通什市更名为五指山市，番阳镇隶属五指山市。