明初称烈楼都，属琼山县五源乡。
清康熙年间（1662~1722年），烈楼分为一、二都。
清雍正年间（1723~1735年），烈楼一都改称烈楼都，二都改称凤楼都，在长流墟以南新设兴政都。
民国初，以图代都。
20世纪30年代烈楼、凤楼、兴政三图合并为烈楼乡。
民国三十四年（1945年），改名那流乡。
民国三十六年（1947年），改名长流乡。
1950~1957年，属琼山县第五区。
1958年，成立长流公社，划归海口市。
1961年，析出荣山、新海2公社。
1968年，新海公社并入长流公社。
1983年，改为长流区公所。
1986年，改为长流镇。
2002年7月，新海乡的镇海村并入。