明，属堤里社。
清，归南董营。
民国，全县划分五个区，属三区（西区）。
1938年4月，藁城县抗日民主政府成立，全县划分八个区，归六区。
1947年11月藁城恢复原建制，先后划分八、十三个区，先后为六、八区管辖。
中华人民共和国成立后，先后划分十、七个区，先后为六、五区管辖。
1953年7月，全县划分96个乡，设立九门回族自治乡，下辖九门1村。
1955年改称南董区九门回族自治乡。
1956年6月，撤区并乡，再设九门回族自治乡，下辖4村，1958年8月“人民公社化”时，归南董人民公社管辖，1961年5月，缩小公社规模，设九门人民公社，下辖5个生产大队。
1984年1月，公社改乡镇建制，设九门回族乡，下辖5个村民委员会。
1996年，撤乡扩镇，撤销只都乡，并入九门回族乡，下辖13村民委员会至今。