清康熙十二年(1673年)，木门店镇境域始设木门镇。
民国二年（1913年），属青县西区（辛集）。
民国三十六年（1947年），为青县六区。
1953年，分属木门店、崇仙、前吴召、前仔仪4乡1957年7月，4乡合并为木门店乡、崇仙乡。
1958年，为东方红（曹寺）公社木门店管理区。
1961年，析出设木门店公社。
1984年3月，改为木门店乡。
1985年3月，崇仙乡改为镇；12月，崇仙镇、木门店乡合并为木门店镇。