榆树屯一带开发历史较久，境内的三岱屯、大阿拉街形成于明代万历年间后期(1615年前后），清代初期又相继辟建了头站、霍托气和前五家子屯等，隶属齐齐哈尔副都统管辖。
清末民初，先后隶属龙江府和龙江县管辖，1915年9月隶属第二区管辖。
东北论路后期，分隶霍托气村、小阿拉村管辖。
1945年九三抗日战争胜利后，1946年6月,划归龙东县管辖。
1948年3月，将龙东县并入龙江县后，隶属第十一区管辖。
1951年11月,划归齐齐哈尔市,1954年10月隶属榆树屯区管辖。
1956年5月,并村划乡,设置榆树屯乡。
1958年12月，改称榆树管理区。
1961年8月,并入昂昂溪人民公社农业分社，1965年改称昂昂溪人民公社。
1977年从昂昂溪公社划出，成立榆树屯公社。
1984年1月，改为榆树屯乡。
2001年3月,将三间房街道办事处撤销并入昂昂溪乡，2001年10月昂昂溪乡改为三间房镇，2008年4月三间房镇更名为榆树屯镇。
名称沿用至今。